Zulfatun Ni'mah menempuh sarjana Sastra Arab di Universitas Gadjah Mada sebelum melanjutkan magister Pendidikan Agama Islam di UIN Sunan Kalijaga. Bekal kebahasaan Arab yang kuat terbawa ke mata kuliah yang diampunya, seperti Tafsir Maudhu'i dan Qira'ah Al-Qur'an, di samping bidang utamanya pada perencanaan pembelajaran. Minat penelitiannya mencakup teknologi pendidikan serta pendidikan seks dan gender tema yang relatif jarang digarap dalam kajian PAI dan memperluas cakupan riset prodi. Mata kuliah lain yang diampunya meliputi Pengembangan Kurikulum, Statistik, Komunikasi Antarbudaya, Psikologi Islam, dan Pendidikan Agama Islam untuk mata kuliah umum.