Jalur akademik Dr. Abdul Fadhil bergerak dari Pendidikan Agama Islam, ke Sejarah dan Peradaban Islam di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, lalu ke kajian Agama dan Lintas Budaya di Sekolah Pascasarjana Universitas Gadjah Mada. Perpindahan bertahap ini memberinya sudut pandang lintas disiplin dalam membaca perjalanan peradaban Islam. Minat penelitiannya kini terpusat pada dinamika sosial budaya keagamaan pendekatan yang juga ia bawa ke ruang kelas melalui mata kuliah Sejarah Peradaban Islam, Pemikiran Ulama Nusantara, Sosiologi Pendidikan, dan Pendidikan Agama Islam untuk mata kuliah umum.