Dr. Bina Prima Panggayuh menempuh seluruh jenjang pendidikannya dalam bidang Pendidikan Agama Islam dari IAIN Ponorogo, ke UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, hingga program doktor di UIN Sunan Ampel Surabaya. Konsistensi jalur ini membentuk penguasaan bidang PAI yang utuh dari hulu ke hilir. Kepakarannya pada kebijakan pendidikan Islam ia sandingkan dengan minat penelitian pada pendidikan moderasi beragama serta pengembangan materi dan kurikulum PAI. Di prodi, ia mengampu mata kuliah metodologis dan filosofis seperti Metodologi Penelitian PAI, Penulisan Naskah dan Artikel, Seminar Proposal, Filsafat Agama, dan Filsafat Ilmu, di samping Fikih, Usul Fikih, dan Studi Agama-Agama.